Investigating Binding Mechanisms of Small Molecules to Quadruplex DNA
Notice bibliographique
Résumé
Guanine quadruplexes (G4) are dynamic structures found naturally in guanine-rich DNA. When folded, they have been found to block the expression of genes related to diseases including cancer1 and are therefore of significant interest in the field of biomedical research. Our research group has developed a family of chemical binders which strongly stabilize folded G4. This project focuses on quantifying the interaction of these binders with various quadruplexes, through their binding constant (a measure of relative preference for the bound vs unbound state). This constants can be determined through the use of a Fluorescence Intercalation Displacement (FID) biophysical assay,2 a method which measures the competitive binding of the binder molecule and a fluorescent probe to the quadruplex (see figure 1). As a preliminary step, we perform direct titrations of the fluorescent probe, Thiazole Orange (TO), with quadruplex DNA, to determine its binding constant and TO:DNA stoichiometry. TO fluoresces only when bound to a substrate,3 allowing us to track the formation of the TO*DNA complex through an increase in fluorescence. In the FID titration, however, the binder displaces the fluorescent probe, and a decrease in fluorescence intensity is observed. We also discuss mathematical methods used to fit the experimental data in order to determine binding constants for both the fluorescent probe and our binders. A robust model should give evidence in support of the expected binding phenomena. References 1. Hurley, L. et. al. The Febs Journal, 2010, 277, 3459-3469 2. Monchaud, D. et. al. Biochimie, 2008, 90: 1209-1223 3. Yaron, D. et. al. The Journal of Physical Chemistry A. 2008, 112, 9692-9701
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».