Persistence and expansion of cryptic endangered red wolf genomic ancestry along the American Gulf coast
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Admixture and introgression play a critical role in adaptation and genetic rescue that has only recently gained a deeper appreciation. Here, we explored the geographic and genomic landscape of cryptic ancestry of the endangered red wolf that persists within the genome of a ubiquitous sister taxon, the coyote, all the while the red wolf has been extinct in the wild since the early 1980s. We assessed admixture across 102,621 SNP loci genotyped in 293 canid genomes. We found support for increased red wolf ancestry along an east-to-west gradient across the southern United States that was associated with historical admixture in the past 100 years. Southwestern Louisiana and southeastern Texas, the geographic zone where the last red wolves were known prior to their extinction in the wild, contained the highest and oldest levels of red wolf ancestry. X-linked regions of low recombination rates were depleted of introgression, relative to the autosomes, suggestive of the large X effect and enrichment with loci involved in maintaining reproductive isolation. Recombination rate was positively correlated with red wolf ancestry across coyote genomes, consistent with theoretical predictions. The geographic and genomic extent of cryptic red wolf ancestry can provide novel and variable genomic resources for the survival of the endangered red wolf.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».