RNA sequencing of LX-2 cells treated with TGF-β1 identifies genes associated with hepatic stellate cell activation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Hepatic stellate cells (HSCs) are liver-resident myofibroblast precursors responsible for the production of collagen and maintenance of the hepatic extracellular matrix (ECM). As such, they are generally associated with fibrotic liver diseases. HSCs become "activated" in response to tissue damage or pathogen invasion, a process most commonly driven by transforming growth factor-β1 (TGF-β1). Despite this, the full extent of TGF-β1 signalling in these cells is poorly understood. Clarifying the range and diversity of this signalling will further improve our understanding of the process of HSC activation. METHODS AND RESULTS: RNA sequencing was used to quantitate the transcriptomic changes induced in LX-2 cells, an activated human HSC line, following TGF-b1 treatment. In total, 5,258 genes were found to be significantly differentially expressed with a false discovery rate cut-off of < 0.1. The topmost deregulated of these genes included those with no currently characterised role in either HSC activation or fibrotic processes, including CIITA and SERPINB2. In silico analysis revealed the prominent signalling pathways downstream of TGF-β1 in LX-2 cells. CONCLUSIONS: In this study, we describe the genes and signalling pathways significantly deregulated in LX-2 cells following TGF-β1 treatment. We identified several highly deregulated genes with no currently characterised role in HSC activation, which may represent novel mediators of fibrotic responses in HSCs or the liver macroenvironment. This work may be of use in the identification of new markers of liver fibrosis and could provide insight into prospective genes or pathways that might be targeted for the amelioration of fibrotic liver disease in the future.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».