Clinical evaluation of the GeneXpert® Xpert® Xpress SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test
Notice bibliographique
Résumé
The Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test received emergency use authorization approval by the United States Food and Drug Administration in December 2020, and Health Canada approval in January 2021. The performance characteristics of the GeneXpert Xpert Xpress SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test were assessed at Lakeridge Health Oshawa and the National Microbiology Laboratory of Canada. The combination test was compared to the Xpert SARS-CoV-2 and Xpert Flu/RSV assays, and the BioFire FilmArray Respiratory Panel 2.1 (RP2.1) test kit. Materials evaluated were serial dilutions of chemically-inactivated SARS-CoV-2 and remnant clinical specimens (nasal or nasopharyngeal swabs) collected from patients. The limit of detection (LOD) for the SARS-CoV-2 component of the Xpert SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test was determined to be <100 viral copies/mL when using chemically-inactivated SARS-CoV-2. In total, 86 clinical positive and 51 clinical negative samples were used for this study, with mixtures of clinical positives being used to mimic coinfection and screen for competitive inhibition. The combination test showed a high percent agreement with the Xpert SARS-CoV-2 and Xpert Flu/RSV tests, as well as the BioFire FilmArray RP2.1. Based on the findings from this study and a growing body of research, the Xpert SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test will serve as an effective replacement for the Xpert SARS-CoV-2 and Xpert Flu/RSV assays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».