An unequivocal superbug: PDR Klebsiella pneumoniae with an arsenal of resistance and virulence factor genes
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Infections caused by extensively-drug resistant (XDR) and pan-drug resistant (PDR) Klebsiella pneumoniae represent an emerging threat due to the high associated mortality. This study aimed to characterize two carbapenem resistant K. pneumoniae strains from the same patient, the first being PDR (referred to as IMP 1078b) and the second being XDR (referred to IMP 1078s) isolated from the same patient. METHODOLOGY: Antimicrobial susceptibility testing was done for the 2 K. pneumoniae isolates, followed by carbapenem/β-lactamase inhibitor combination assay, and fitness cost against cefepime and meropenem. Then, whole-genome sequence analysis was performed to decipher the molecular mechanisms behind the high level of resistance recorded in both isolates. Finally, qRT-PCR was done for β-lactam resistant genes. RESULTS: This is the first report about a K. pneumoniae isolate harboring 47 antimicrobial resistance genes and having type IV pilli (Yersinia) and the fimbrial adherence determinant Stb (Salmonella) as virulence factors. Further analysis on both isolates are discussed within the article. CONCLUSION: The co-existence of a high number of antimicrobial resistant (AMR) genes and virulence factor genes may lead to a life threatening invasive and untreatable infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».