Abstract PO-021: Single-cell DNA sequencing as a means to directly examine the size and frequency of radiation-induced mutations - An exploratory study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This study examines if single-cell DNA sequencing may be used to study the mutational effects of ionizing radiation. As the action of ionizing radiation is a stochastic process, each cell in an irradiated sample experiences its own unique radiation-induced DNA damage. As a result, conventional sequencing methods such as bulk cell sequencing cannot be used to identify individual mutations. In this work, Epstein-Barr virus (EBV) transformed B-lymphoblastoid cells were irradiated with 6 MV X-ray radiation using a medical linear accelerator. Four samples of cells from the same population (400,000 cells/ml) were exposed to sham irradiation (0 Gray [Gy]; control), 0.5 Gy, 1.5 Gy and 3.0 Gy respectively at a common dose rate of about 600 cGy/min. Irradiated samples were incubated for 24 hrs and subsequently underwent single-cell whole-genome DNA sequencing to characterize the radiation impact. Mutational profiles of approximately 500 cells, randomly selected from each sample, were individually analyzed and compared to identify the variation of several mutational parameters as a function of dose. We quantified the copy number variations (CNV) for each cell in our samples. Additionally, we segregated insertion CNVs and deletion CNVs and independently analyzed their dose dependences. We found that the total number of CNVs (insertion and deletion combined) increased with dose, and the number of deletion CNVs consistently increased most. We have repeated the experiment and a new round of single-cell DNA sequencing is underway. If confirmed, our results will demonstrate that the mutational effects of ionizing radiation may be examined directly using single-cell sequencing. Citation Format: Felix Mathew, Jonathan Yeo, Luc Galarneau, Norma Ybarra, Patricia Tonin, Yu Chang Wang, Ioannis Ragoussis, John Kildea. Single-cell DNA sequencing as a means to directly examine the size and frequency of radiation-induced mutations - An exploratory study [abstract]. In: Proceedings of the AACR Virtual Special Conference on Radiation Science and Medicine; 2021 Mar 2-3. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2021;27(8_Suppl):Abstract nr PO-021.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».