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Enregistrement W3154073469 · doi:10.1101/2021.04.20.440707

The genetics of assisted gene flow: immediate costs and long-term benefits

2021· preprint· en· W3154073469 sur OpenAlexafffund
Jared A. Grummer, Tom R. Booker, Remi Matthey‐Doret, Pirmin Nietlisbach, Andréa T. Thomaz, Michael C. Whitlock

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of British ColumbiaGenome British ColumbiaGenome CanadaSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésOutbreeding depressionPopulationPopulation fragmentationBiologyTraitClimate changeHabitat fragmentationEvolutionary biologyGene flowEcologyGeneticsGenetic variationGeneComputer scienceHabitatDemographyInbreeding

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Plant and animal populations are facing several novel risks such as human-mediated habitat fragmentation and climate change that threaten their long-term productivity and persistence. With the genetic health of many populations deteriorating due to climate change outpacing physiological adaptation, human interventions in the form of assisted gene flow (AGF) may provide genetic variation to adapt populations to predicted climate change scenarios and result in more robust and productive populations. We ran genetic simulations to mimic a variety of AGF scenarios and measured their outcomes on population-level fitness to answer the question: in which circumstances is it worthwhile to perform AGF? Based on the parameters we explored, AGF may be harmful in certain situations over the short term (e.g., the first ∼10-20 generations), due to outbreeding depression and introducing deleterious genetic variation. Moreover, under many parameter sets, the benefits of AGF were relatively weak or took many generations to accrue. In general, when the adaptive trait is controlled by many loci of small effect, the benefits of assisted gene flow take much longer to realize–potentially too long for most climate-related management decisions. We also show that when translocation effort is divided across several generations and outbreeding depression is strong, the recipient population experiences a smaller decrease in fitness as compared to moving all individuals in a single effort. Importantly, in most cases, we show that the genomic integrity of the recipient population remains relatively intact following AGF; the amount of genetic material from the donor population typically ends up constituting no more of the recipient population’s genome than the fraction introduced. Our results will be useful for conservation practitioners and silviculturists, for instance, aiming to intervene and adaptively manage so that populations maintain a robust genetic health and maintain productivity into the future given anthropogenic climate change.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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