MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3154612464

Investigating MeCP2 isoform-specific expression and function

2012· dissertation· en· W3154612464 sur OpenAlexfundno aff
Robby M. Zachariah

Notice bibliographique

RevueMspace (University of Manitoba) · 2012
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesChildren's Hospital Research Institute of ManitobaNational Institutes of HealthScottish Rite Charitable Foundation of CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaManitoba Health Research CouncilInternational Rett Syndrome FoundationResearch ManitobaHealth Sciences Centre Foundation
Mots-clésMECP2Gene isoformExpression (computer science)Function (biology)BiologyComputational biologyNeuroscienceCell biologyGeneticsComputer sciencePhenotype
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Methyl CpG Binding Protein 2 (MeCP2) is an epigenetic regulator capable of recognizing and binding to methylated DNA. Mutations in MECP2 are the primary cause of Rett Syndrome (RTT) and MECP2 Duplication Syndrome (MDS). RTT is a neurodevelopmental disorder that mainly affects young females. MDS on the other hand is 100% penetrant in males and is rarely reported in females. The two disorders, although caused by extremely different etiologies, exhibit many similarities in their phenotypes including but not limited to autistic features, learning impairments and seizures. However, the molecular basis of this phenotypic similarity remains unknown. No cure has been identified to date for RTT and MDS. Alternative splicing of Mecp2/MECP2 leads to the generation of two isoforms, MeCP2E1 and MeCP2E2. Limited knowledge exists on the expression patterns and function of the two isoforms. In this thesis, I have attempted to address this knowledge gap by taking part in the validation of custom-made MeCP2 isoform-specific antibodies that are capable of differentially recognizing MeCP2E1 and MeCP2E2. Using the custom-made MeCP2E1-specific antibody, I also demonstrate that MeCP2E1 is expressed at much higher levels in neurons, as compared to astrocytes. My studies into the functional role of MeCP2 isoforms in neurons suggest that overexpression of both MECP2E1 and MECP2E2 leads to reduced rRNA levels in neurons. The potential role of MeCP2 as a negative regulator of neuronal rRNA biogenesis is further corroborated by direct binding of MeCP2 to the rDNA promoter, specifically the methylated fraction of rDNAs. Preliminary evidence from my studies suggests that MECP2 duplication in mice leads to brain region-specific alterations in rRNA levels, specifically in the cerebellum. Thus, the data presented in this thesis addresses two important knowledge gaps in the field of MeCP2 research: the higher levels of MeCP2E1 in neurons compared to astrocytes and the molecular consequences of MECP2E1 and MECP2E2 overexpression in neurons.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,191
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueMspace (University of Manitoba)Même sujetGenetics and Neurodevelopmental DisordersTravaux en français237 207