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Enregistrement W3154740490 · doi:10.1093/ornithology/ukab018

Comparative phylogeographic analysis suggests a shared history among eastern North American boreal forest birds

2021· article· en· W3154740490 sur OpenAlexafffundabout
Joel Ralston, Alyssa M. FitzGerald, Theresa M. Burg, Naima C. Starkloff, Ian G. Warkentin, Jeremy J. Kirchman

Notice bibliographique

RevueThe Auk · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandUniversity of Lethbridge
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity at AlbanyAlberta InnovatesDepartment of Natural Resources, Government of Newfoundland and LabradorAmerican Museum of Natural History
Mots-clésPhylogeographyDisjunctEcologyTaigaGenetic structurePleistoceneRefugium (fishkeeping)BiologyBiogeographyGenetic diversityApproximate Bayesian computationBorealGeographyEvolutionary biologyPhylogeneticsGenetic variationPaleontologyPopulationHabitat

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Phylogeographic structure within high-latitude North American birds is likely shaped by a history of isolation in refugia during Pleistocene glaciations. Previous studies of individual species have come to diverse conclusions regarding the number and location of likely refugia, but no studies have explicitly tested for biogeographic concordance in a comparative phylogeographic framework. Here we use a hierarchical approximate Bayesian computation analysis of mitochondrial DNA sequences from 653 individuals of 6 bird species that are currently co-distributed in the boreal forest of North America to test for biogeographic congruence. We find support for congruent phylogeographic patterns across species, with shallow divergence dating to the Holocene within each species. Combining genetic results with paleodistribution modeling, we propose that these species shared a single Pleistocene refugium south of the ice sheets in eastern North America. Additionally, we assess modern geographic genetic structure within species, focusing on Newfoundland and disjunct high-elevation populations at the southern periphery of ranges. We find evidence for a “periphery effect” in some species with significant genetic structure among peripheral populations and between peripheral and central populations. Our results suggest that reduced gene flow among peripheral populations, rather than discordant biogeographic histories, can explain the small differences in genetic structure and levels of genetic diversity among co-distributed boreal forest birds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2021
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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