Blue whale (Balaenoptera musculus musculus) genome: population structure and history in the North Atlantic
Notice bibliographique
Résumé
Knowledge of genetic diversity and structure is essential for developing conservation strategies for endangered species. The advances in museum genomics can assist in better understanding the effects of over-hunting on the genome by comparing historical to present-day samples. Blue whales were hunted to the point of near extinction in the mid-twentieth century. Herein, we use whole genome sequencing to elucidate the poorly understood population structure of North Atlantic (NA) blue whales (Balaenoptera musculus musculus). We generated a de novo genome assembly of 2.49 Mbp for a NA blue whale (N50 of 1.46 Mb) to analyze 19 whole genomic sequences and 28 complete mitochondrial genomes. We included present-day and historical samples (earliest from 1900) from the Atlantic and Antarctica to understand the impact of whaling on the genetic diversity. We found low population structuring, but high genetic diversity, suggesting a single, panmictic population in the NA. We identified gene flow from fin whale to blue whales, accounting for ~3.5% of the genome. Introgression between blue and fin whales was observed in all the present-day samples but were lacking in some whales sampled early in the 20th century, which suggests increasing disruption in mate choice concomitant with decline in blue whale population. We also assembled and analyzed the transcriptome and revealed positive selection of oncogenes, which may be involved in reduced cancer rates in this largest of mammals ever known. Our sequencing and population structuring studies provide a genomic framework to guide ongoing conservation strategies for this iconic species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».