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Enregistrement W3154829394 · doi:10.1101/2021.04.08.21254942

Specific heterozygous frameshift variants in <i>hnRNPA2B1</i> cause early-onset oculopharyngeal muscular dystrophy

2021· preprint· en· W3154829394 sur OpenAlexaff
Hong Joo Kim, Payam Mohassel, Sandra Donkervoort, Lin Guo, Kevin J. O’Donovan, Maura Coughlin, Xavière Lornage, Nicola Foulds, Simon Hammans, A. Reghan Foley, Charlotte M. Fare, Alice F. Ford, Masashi Ogasawara, Aki Sato, Aritoshi Iida, Pinki Munot, Gautam Ambegaonkar, Rahul Phadke, Dominic G. O’Donovan, Rebecca Buchert, Mona Grimmel, Ana Töpf, Irina Zaharieva, Lauren Brady, Ying Hu, Thomas E. Lloyd, Andrea Klein, Maja Steinlin, Alice Küster, Sandra Mercier, Pascale Marcorelles, Yann Péréon, Emmanuelle Fleurence, Adnan Manzur, Sarah Ennis, Rosanna Upstill‐Goddard, Luca Bello, Cinzia Bertolin, Elena Pegoraro, Leonardo Salviati, Courtney E. French, Andriy Shatillo, F. Lucy Raymond, Tobias B. Haack, Susana Quijano‐Roy, Johann Böhm, Isabelle Nelson, Tanya Stojkovic, Teresinha Evangelista, Volker Straub, Norma B. Romero, Jocelyn Laporte, Francesco Muntoni, Ichizo Nishino, Mark A. Tarnopolsky, James Shorter, J. Paul Taylor, Carsten G. Bönnemann

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensMcMaster UniversityHamilton Health SciencesHealth Sciences Centre
Organismes subventionnairesNIH Clinical CenterNational Institutes of HealthNIHR Biomedical Research Centre, Royal Marsden NHS Foundation Trust/Institute of Cancer ResearchNational Center of Neurology and PsychiatryGreat Ormond Street Hospital for ChildrenNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMassachusetts General HospitalNational Institute for Health and Care ResearchNational Human Genome Research InstituteUniversity of TokushimaALS AssociationBroad InstituteJapan Agency for Medical Research and DevelopmentUniversity College LondonMedical Research CouncilHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésOculopharyngeal muscular dystrophyFrameshift mutationBiologyMissense mutationMuscular dystrophyGeneticsPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary RNA-binding proteins (RBPs) are essential for post-transcriptional regulation and processing of RNAs. Pathogenic missense variants in RBPs underlie a spectrum of disease phenotypes, including amyotrophic lateral sclerosis, frontotemporal dementia, inclusion body myopathy, distal myopathy, and Paget’s disease of the bone. Here, we present ten independent families with a severe, progressive, early-onset muscular dystrophy, reminiscent of oculopharyngeal muscular dystrophy (OPMD), caused by heterozygous frameshift variants in the prion-like domain of hnRNPA2B1 . We found that in contrast with the previously reported missense variants, the frameshift hnRNPA2B1 variants do not promote, but rather decelerate the fibrillization of the protein. Importantly, the frameshift variants harbor altered nuclear-localization sequences and exhibit reduced affinity for the nuclear-import receptor, Karyopherin-β2, which promotes their cytoplasmic accumulation in cells and in animal models that recapitulate the human pathology. Thus, we expand the phenotypes associated with hnRNPA2B1 to include a severe, early-onset disease reminiscent of OPMD, caused by a distinct class of frameshift variants that alter its nucleocytoplasmic transport dynamics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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