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Enregistrement W3155053698 · doi:10.71781/31163

Effect of spatial learning on the protein tyrosine phosphatase STEP

2020· dissertation· en· W3155053698 sur OpenAlexfundno aff
Christina McAnulty

Notice bibliographique

RevuePapyrus : Institutional Repository (Université de Montréal) · 2020
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Tyrosine Phosphatases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitut de Recherche Clinique De Montréal
Mots-clésProtein tyrosine phosphataseTyrosineComputer scienceBiochemistryComputational biologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

La protéine Striatal-Enriched Protein Tyrosine Phosphatase (STEP) joue un rôle important dans la régulation de la force synaptique, notamment par sa capacité à s'opposer au renforcement synaptique et à encourager la dépression à long terme. Des niveaux anormaux de STEP peuvent altérer l'apprentissage et la mémoire et ont été impliqués dans une variété de troubles neuropsychiatriques tels que la maladie d'Alzheimer. Bien qu'il existe de nombreux substrats et régulateurs connus de STEP, la gamme complète des molécules capables d'intéragir avec STEP reste à découvrir. Dans cette étude, nous avons utilisé deux méthodes complémentaires afin de trouver de nouveaux intéracteurs de STEP: l'identification par proximité à la biotine (BioID) et la purification par affinité couplée à la spectrométrie de masse (AP-MS). Nous avons ensuite utilisé le protocole de la piscine de Morris chez le rat afin de déterminer l'effet d'un apprentissage spatial sur les niveaux de STEP61, STEP non phosphorylé, le récepteur 1 de la neuromédine U (NMUR1) et la neurologine-1 (NLGN-1) dans l'hippocampe des rats. Nous avons observé qu'un environnement naturel riche en indices distaux radicalement différents les uns des autres était plus propice à l'apprentissage spatial qu'un environnement plus uniforme avec uniquement des images disponibles pour être utilisées comme indices distaux. Nous avons également constaté que la protéine STEP61 totale, la STEP non-phosphorylé et la NMUR1 n'ont pas changé à la suite d'un apprentissage spatial, mais que la NLGN-1 change dans l'un des protocoles utilisés. Enfin, nous n'avons pas été en mesure d'induire des changements dans les niveaux de STEP grâce à l'utilisation de NMDA ou de DHPG pour induire une dépression à long-term dans des cultures hippocampiques dissociées. Des recherches supplémentaires seront nécessaires afin de déterminer la nature des nouvelles interactions découvertes, ainsi que la façon dont celles-ci sont affectées par un apprentissage spatial, et le rôle de la dépression à long terme ou de la potentialisation à long terme dans ces processus.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,178
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
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