<scp>RNA</scp> Sequencing and Pathways Analyses of Middle Ear Epithelia From Patients With Otitis Media
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Otitis media (OM) is the most common pediatric diagnosis in the United States. However, our understanding of the molecular pathogenesis of OM remains relatively poor. Investigation of molecular pathways involved in OM may improve the understanding of this disease process and elucidate novel therapeutic targets. In this study, RNA sequencing (RNA-Seq) was used to discern cellular changes associated with OME compared to healthy middle ear epithelium (MEE). STUDY DESIGN: Ex vivo case-control translational. METHODS: Middle ear epithelia was collected from five pediatric patients diagnosed with OME undergoing tympanostomy tube placement and five otherwise healthy pediatric patients undergoing cochlear implantation. Specimens underwent RNA-Seq and pathways analyses. RESULTS: A total of 1,292 genes exhibited differential expression in MEE from OME patients compared to controls including genes involved in inflammation, immune response to bacterial OM pathogens, mucociliary clearance, regulation of proliferation and transformation, and auditory cell differentiation. Top networks identified in OME were organismal injury and abnormalities, cell morphology, and auditory disease. Top Ingenuity canonical pathways identified were axonal guidance signaling, which contains genes associated with auditory development and disease and nicotine degradation II and III pathways. Associated upstream regulators included β-estradiol, dexamethasone, and G-protein-coupled estrogen receptor-1 (GPER1), which are associated with otoprotection or inflammation during insult. CONCLUSIONS: RNA-Seq demonstrates differential gene expression in MEE from patients with OME compared to healthy controls with important implications for infection susceptibility, hearing loss, and a role for tobacco exposure in the development and/or severity of OME in pediatric patients. LEVEL OF EVIDENCE: 4 Laryngoscope, 131:2590-2597, 2021.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».