Validation of breast cancer risk assessment tools on a French-Canadian population-based cohort
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Evaluate the accuracy of the Breast Cancer Risk Assessment Tool (BCRAT), International Breast Cancer Intervention Study risk evaluation tool (IBIS), Polygenic Risk Scores (PRS) and combined scores (BCRAT+PRS and IBIS +PRS) to predict the occurrence of invasive breast cancers at 5 years in a French-Canadian population. DESIGN: Population-based cohort study. SETTING: We used the population-based cohort CARTaGENE, composed of 43 037 Quebec residents aged between 40 and 69 years and broadly representative of the population recorded on the Quebec administrative health insurance registries. PARTICIPANTS: 10 200 women recruited in 2009-2010 were included for validating BCRAT and IBIS and 4555 with genetic information for validating the PRS and combined scores. OUTCOME MEASURES: We computed the absolute risks of breast cancer at 5 years using BCRAT, IBIS, four published PRS and combined models. We reported the overall calibration performance, goodness-of-fit test and discriminatory accuracy. RESULTS: 131 (1.28%) women developed a breast cancer at 5 years for validating BCRAT and IBIS and 58 (1.27%) for validating PRS and combined scores. Median follow-up was 5 years. BCRAT and IBIS had an overall expected-to-observed ratio of 1.01 (0.85-1.19) and 1.02 (0.86-1.21) but with significant differences when partitioning by risk groups (p<0.05). IBIS' c-index was significantly higher than BCRAT (63.42 (59.35-67.49) vs 58.63 (54.05-63.21), p=0.013). PRS scores had a global calibration around 0.82, with a CI including one, and non-significant goodness-of-fit tests. PRS' c-indexes were non-significantly higher than BCRAT and IBIS, the highest being 64.43 (58.23-70.63). Combined models did not improve the results. CONCLUSIONS: In this French-Canadian population-based cohort, BCRAT and IBIS have good mean calibration that could be improved for risk subgroups, and modest discriminatory accuracy. Despite this modest discriminatory power, these tools can be of interest for primary care physicians for delivering a personalised message to their high-risk patients, regarding screening and lifestyle counselling.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,039 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».