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Enregistrement W3156128609 · doi:10.12688/f1000research.52439.1

SARS-CoV-2 and the role of close contact in transmission: a systematic review

2021· review· en· W3156128609 sur OpenAlexafffund
Igho Onakpoya, Carl Heneghan, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Annette Plüddemann, David H. Evans, John Conly, Tom Jefferson

Notice bibliographique

RevueF1000Research · 2021
Typereview
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensAlberta Health ServicesUniversity of CalgaryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCenters for Disease Control and PreventionSanofi PasteurUniversity of OxfordNational Institute for Health and Care ResearchDalhousie UniversityWorld Health OrganizationSanofiLaura and John Arnold FoundationUniversity of CalgaryOxford Health NHS Foundation TrustNIHR School for Primary Care ResearchPfizer
Mots-clésTransmission (telecommunications)MedicineVirologyNS3Coronavirus disease 2019 (COVID-19)Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)BiologyVirusPathologyDiseaseInfectious disease (medical specialty)Computer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<ns3:p> <ns3:bold>Background:</ns3:bold> SARS-CoV-2 transmission has been reported to be associated with close contact with infected individuals. However, the mechanistic pathway for transmission in close contact settings is unclear. Our objective was to identify, appraise and summarise the evidence from studies assessing the role of close contact in SARS-CoV-2 transmission. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Methods:</ns3:bold> This review is part of an Open Evidence Review on Transmission Dynamics of SARS-CoV-2. We conduct ongoing searches using WHO Covid-19 Database, LitCovid, medRxiv, PubMed and Google Scholar; assess study quality based on the QUADAS-2 criteria and report important findings on an ongoing basis. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Results:</ns3:bold> We included <ns3:bold/> 181 studies: 171 primary studies and 10 systematic reviews. The settings for primary studies were predominantly in home/quarantine facilities (31.6%) and acute care hospitals (15.2%). The overall reporting quality of the studies was low to moderate. There was significant heterogeneity in design and methodology. The frequency of attack rates (PCR testing) was 3.5-75%; attack rates were highest in prison and wedding venues, and in households. The frequency of secondary attack rates was 0.3-100% with rates highest in home/quarantine settings. Three studies showed no transmission if index cases had recurrent infection. Viral culture was performed in three studies of which two found viable virus; culture results were negative where index cases had recurrent infections. Ten studies performed genomic sequencing with phylogenetic analysis – the completeness of genomic similarity ranged from 81-100%. Findings from systematic reviews showed that children were significantly less likely to transmit SARS-CoV-2 and household contact was associated with a significantly increased risk of infection. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Conclusions:</ns3:bold> The evidence from published studies demonstrates that SARS-CoV-2 can be transmitted via close contact settings. The risk of transmission is greater in household contacts. There was wide variation in methodology. Standardized guidelines for reporting transmission in close contact settings should be developed to improve the quality reporting. </ns3:p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,030
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: Revue systématique
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,335
Score d'incertitude au seuil0,979

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,030
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0080,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,439
Tête enseignante GPT0,549
Écart entre enseignants0,110 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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