The Development of EST-SSR Markers from Transcriptome Sequencing and Genetic Diversity of Twenty Genotypes with High Yields of <i>Cornus wilsoniana</i>, an Important Wood Oil Plant
Notice bibliographique
Résumé
Oil plants are not only used as essential nutriments in food but also used broadly as ingredients of industrial products. Cornus wilsoniana Wanger is an important native woody oil plant with high-yield and high-oiliness characters in China. The fruit oil of Cornus wilsoniana not only could be used as equilibrated dietary oil, but also has hypolipidemic function and helps to overcome EFA deficiency. Genomic information is currently not available for Cornus wilsoniana , which will therefore affect its genetic improvement process. In this study, 8713 EST-SSRs were identified from the transcriptome sequencing of Cornus wilsoniana . Most of these EST-SSRs were composed of dimer and trimer repeats. The AG/CT motif is the most common dimeric EST-SSRs motif (53.5%), whereas the CG/CG (0.44%) microsatellites are present only at low abundances. Among the trimeric microsatellites, AAG/CTT (5.53%) and ATC/ATG (4.27%) are the most common motifs. There are no obvious dominant motifs among the tetra-, penta-, and hexa- nucleotide motifs. Fifteen pairs of EST-SSRs primers are developed with polymorphism and used for the genetic diversity analysis of twenty genotypes of Cornus wilsoniana with high fruit output. Allele number per locus ranges from 2 to6 with an average of 2.87, and the PIC value ranges from 0.05 to 0.58 with an average of 0.36. Average genetic diversity overall SSR loci for the 20 genotypes was 0.427, ranging from 0.049 to 0.659. All the loci are polymorphic and clearly distinguish the genotypes. Cluster analyze (NJ tree, UPGMA) identifies a similar pattern of variation. 15developed EST-SSRs are informative, codominant and reliable, and could be applied in the improvement programs of Cornus wilsoniana in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».