The mouse brain after foot-shock in 4D: temporal dynamics at a single-cell resolution
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Acute stress leads to sequential activation of functional brain networks. The challenge is to get insight in whole brain activity at multiple scales, beyond the level of (networks of) nuclei. We developed a novel pre-processing and analytical pipeline to chart whole-brain immediate early genes’ expression – as proxy for cellular activity – after a single stressful foot-shock in 4 dimensions; that is, from functional networks up to 3D single-cell resolution, and over time. The pipeline is available as R-package. Most brain areas (96%) showed increased numbers of c-fos+ cells after foot-shock, yet hypothalamic areas stood out as being most active and prompt in their activation, followed by amygdalar, prefrontal, hippocampal and finally thalamic areas. At the cellular level, c-fos+ density clearly shifted over time across subareas, as illustrated for the basolateral amygdala. Moreover, some brain areas showed increased numbers of c-fos+ cells, while others dramatically increased c-fos intensity in just a subset of cells; this ‘strategy’ changed after foot-shock in half of the brain areas. All single-cell data can be visualized for each of the 90 brain areas examined through our interactive web-portal.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».