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Enregistrement W3157344667 · doi:10.1038/s41467-021-22517-1

Osteocyte transcriptome mapping identifies a molecular landscape controlling skeletal homeostasis and susceptibility to skeletal disease

2021· article· en· W3157344667 sur OpenAlexafffund
Scott E. Youlten, John P. Kemp, John G. Logan, Elena J. Ghirardello, C. Marcelo Sergio, Michael R.G. Dack, Siobhan E. Guilfoyle, Victoria D. Leitch, Natalie C. Butterfield, Davide Komla‐Ebri, Ryan C. Chai, Alexander P. Corr, James T. Smith, Sindhu T. Mohanty, John Morris, Michelle M. McDonald, Julian M.W. Quinn, Amelia McGlade, Nenad Bartoniček, Matt Jansson, Konstantinos Hatzikotoulas, Melita Irving, Ana Beleza‐Meireles, Fernando Rivadeneira, Emma L. Duncan, J. Brent Richards, David J. Adams, Christopher J. Lelliott, Robert Brink, Tri Giang Phan, John A. Eisman, David M. Evans, Eleftheria Zeggini, Paul A. Baldock, J. H. Duncan Bassett, Graham R. Williams, Peter I. Croucher

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBone Metabolism and Diseases
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilFonds de Recherche du Québec - SantéEuropean CommissionJewish General HospitalNational Institute for Health and Care ResearchAustralian GovernmentNational Institutes of HealthNational Health and Medical Research CouncilHorizon 2020 Framework ProgrammeCancer Research UKUniversity of New South WalesWellcome TrustKing's College LondonErnest Heine Family FoundationCanadian Institutes of Health ResearchWellcome
Mots-clésOsteocyteTranscriptomeBiologyGeneCell biologyComputational biologyGeneticsGene expressionOsteoblast

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Osteocytes are master regulators of the skeleton. We mapped the transcriptome of osteocytes from different skeletal sites, across age and sexes in mice to reveal genes and molecular programs that control this complex cellular-network. We define an osteocyte transcriptome signature of 1239 genes that distinguishes osteocytes from other cells. 77% have no previously known role in the skeleton and are enriched for genes regulating neuronal network formation, suggesting this programme is important in osteocyte communication. We evaluated 19 skeletal parameters in 733 knockout mouse lines and reveal 26 osteocyte transcriptome signature genes that control bone structure and function. We showed osteocyte transcriptome signature genes are enriched for human orthologs that cause monogenic skeletal disorders ( P = 2.4 × 10 −22 ) and are associated with the polygenic diseases osteoporosis ( P = 1.8 × 10 −13 ) and osteoarthritis ( P = 1.6 × 10 −7 ). Thus, we reveal the molecular landscape that regulates osteocyte network formation and function and establish the importance of osteocytes in human skeletal disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,888
Score d'incertitude au seuil0,723

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations124
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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