Improved molecular characterization of the Klebsiella oxytoca complex reveals the prevalence of the kleboxymycin biosynthetic gene cluster
Notice bibliographique
Résumé
As part of the ongoing studies with clinically relevant Klebsiella spp., we characterized the genomes of three clinical GES-5-positive ST138 strains originally identified as Klebsiella oxytoca. bla OXY gene, average nucleotide identity and phylogenetic analyses showed the strains to be Klebsiella michiganensis . Affiliation of the strains to ST138 led us to demonstrate that the current multi-locus sequence typing scheme for K. oxytoca can be used to distinguish members of this genetically diverse complex of bacteria. The strains encoded the kleboxymycin biosynthetic gene cluster (BGC), previously only found in K. oxytoca strains and one strain of Klebsiella grimontii . The finding of this BGC, associated with antibiotic-associated haemorrhagic colitis, in K. michiganensis led us to carry out a wide-ranging study to determine the prevalence of this BGC in Klebsiella spp. Of 7170 publicly available Klebsiella genome sequences screened, 88 encoded the kleboxymycin BGC. All BGC-positive strains belonged to the K. oxytoca complex, with strains of four ( K. oxytoca , K. pasteurii , K. grimontii , K. michiganensis ) of the six species of complex found to encode the complete BGC. In addition to being found in K. grimontii strains isolated from preterm infants, the BGC was found in K. oxytoca and K. michiganensis metagenome-assembled genomes recovered from neonates. Detection of the kleboxymycin BGC across the K. oxytoca complex may be of clinical relevance and this cluster should be included in databases characterizing virulence factors, in addition to those characterizing BGCs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».