Reference Gene Optimization for Ganglia of the Sympathetic Nervous System in Male and Female Mice after Exposure to Cold Stress
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The sympathetic branch of the autonomic nervous system (ANS) regulates the body’s response to psychogenic and systemic stress. In response to stress, endocrine pathways are activated to rebalance physiological changes and restore homeostasis. Gene expression analysis through quantitative real-time PCR (qPCR) is a key method to assess differential gene expression in tissue and cell samples, with high sensitivity and specificity. To assess differential gene expression between samples, qPCR data must be normalized to two or more reference genes to account for technical variation in nucleic acid loading between samples, ensuring data represents target gene expression due to experimental treatments (1). Reference genes must be selected and tested for each experimental paradigm, showing stability of expression between samples and treatments. Reference genes are usually constitutively expressed genes required for cellular maintenance, such as well known “housekeeping” genes or genes encoding ribosomal RNAs. Ganglia of the sympathetic nervous system (SNS) are small in size, and thus total yields of RNA for qPCR experiments are limited. Our group has established a protocol for the isolation of adrenal glands, superior cervical, celiac, and stellate ganglia using a dissecting scope and anatomical landmarks in mice. Here we present optimization data assessing five commonly used reference genes for normalization of qPCR data in three ganglia of the SNS (superior cervical, stellate, and celiac) and adrenal glands. We have evaluated their suitability as reference genes in these tissues after acclimation to cold (4°C) stress compared to the same tissues from animals housed at thermoneutrality (30°C). Through qPCR reaction optimization and subsequent calculations of geNorm stability-measure M, we present optimized primer sequences and reaction conditions, and provide recommendations for combinations of three or more reference genes to use for normalization in gene expression analysis experiments in adrenal gland, superior cervical, stellate or celiac ganglia from male and female mice exposed to thermoneutrality or cold. This research will be valuable to groups interested in SNS physiology and facilitate a streamlined approach to gene expression analysis given the low RNA availability from these minute tissue samples, saving valuable sample, costs and time in carrying out qPCR experiments. Reference: (1) Bustin et al., Clin Chem. 2009 Jan 27;55(4):611-622.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».