In silico identification of RBD subdomain of spike protein from Pro322-Thr581 for applications in vaccine development against SARS-CoV2
Notice bibliographique
Résumé
The three-dimensional hybrid structures of coronavirus spike proteins including the C-terminal sequence and receptor binding motif (RBM) was remodeled and energy minimized. Further, protein-protein docking show that Receptor Binding Domain (RBD) of SARS-CoV 2 Lys457-Pro490 bind on the surface of ACE2 receptor near N-terminal helices to form host-pathogen attachment. In this binding interface, SARS-CoV 2 shows a tight network of hydrogen bonds than other spike proteins from BtRsRaTG13-CoV, SARS-CoV, BtRsBeta-CoV, BtRsCoV-related, Pangolin-CoV (PCoV), human-CoV (hCoV), MERS-CoV (MCoV), Avian-CoV (ACoV) and PEDV1-CoV. Further studies show that subdomains from SARS-CoV 2 RBD Pro322-Thr581, SARS-CoV RBD Pro309-Pro575, BtRsRaTG13 RBD Thr581-Thr323, BtRsBeta-CoV RBD Ser311-Thr568, BtRsCoV-related Arg306-Pro575 and PCoV RBD Gln319-Ser589 show binding conformations with ACE2 like their full-length structures of spike proteins. In addition, the subdomains MCoV RBD Gly372-Val616, ACoV RBD Gly372-Val616 and PEDV1-CoV RBD Ala315-Tyr675 also binds on the surface of ACE2 similar to their full-length spike proteins. The B-Cell epitope mapping also identified main antigenic determinants predicting that these nine subdomains are highly useful in recombinant vaccine development in inducing cross neutralizing antibodies against SARS-CoV 2 spike protein and inhibits its attachment with ACE2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».