Functional Domains and Target Genes of the Hindsight Zinc-finger Protein
Notice bibliographique
Résumé
The Drosophila hindsight (hnt) gene encodes a C2H2-type zinc-finger (ZNF) protein crucial for epithelial morphogenesis. The human HNT homologue, RREB1, functions as a transcriptional modulator and regulates several tumor suppressor genes. HNT’s functional motifs, target genes and its regulatory abilities have not been elucidated. Here I showed that the C-terminal region of HNT containing the last five of 14 ZNFs (ZNF 10-14) binds in vitro to DNA-elements similar to those identified for RREB-1. I then mapped HNT’s endogenous binding sites on polytene chromosomes and focus on two, at 4C and 60C, which are associated with the hnt and nervy (nvy) loci, respectively. Sequence analysis of the bound fragments shows conservation of motifs similar to those bound by HNT in vitro. Data from both hnt loss- and gain-of-function experiments show that HNT attenuates the transcription of the hnt and nvy genes in several tissues and developmental stages. I show that the identified HNT C-terminal DNA binding domain ZNF 10-14 is not required for these regulatory functions. I further delineate the minimal functional motifs of HNT in transcriptional regulation and show that its ninth ZNF in isolation has a repressive activity and is sufficient to confer many regulatory functions of HNT. On the other hand, mutation of ZNF 9 in the context of the full-length protein indicates that it is not necessary for HNT functions. Interestingly, ZNF 9 has been lost from HNT vertebrate homologues. I propose two redundant mechanisms of transcriptional regulation by HNT: one is mediated by the potential protein-interaction abilities of ZNF 9; another is through cooperation of other ZNF motifs of HNT; the DNA binding abilities conferred by the C-terminal five fingers may be essential for the latter mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».