Proceedings of the Canadian Society of Allergy and Clinical Immunology Annual Scientific Meeting 2018
Notice bibliographique
Résumé
Background: Earlier studies have evaluated that genetics contribute to 55-74% of asthma heritability, of which only small percentage may be explained by known loci [1].We hypothesize that the missing heritability lies within interactions among genes as well as between genes with environmental exposures.Using genomics data from the Canadian Healthy Infant Longitudinal Development study (CHILD; N = 3455) [2], we hereby investigate the effects of common and rare variants as well as their interactions with modifiable exposures on risk of recurrent wheeze during early childhood.Methods: We ascertained genomics data using the Illumina Human-CoreExome BeadChip.After quality control assessments and imputations, 22 million variants from 2830 children were included for analysis.Recurrent wheeze, a clinical outcome strongly correlated with asthma, reported from age 2 to 5 was used as the primary phenotype in our analysis.Results: Our genome-wide association study (GWAS) identified loci on chromosome 17q12, a highly replicated loci for asthma, associated with recurrent wheeze.Genetic risk score analysis (GRS) and SNPset kernel association test (SKAT), which calculates the accumulated effect of common and rare variations, respectively, identified sets of variants significantly associated with recurrent wheeze in childhood.Gene-environment interaction analysis identified variations correlated with increased wheeze prevalence in children who were exposed to prenatal smoking.Finally, gene-gene (i.e.epistatic) interactions were studied by constructing a network of inter-correlated variants via hierarchical clustering, a machine learning algorithm for grouping similar elements.This analysis identified 8 clusters of interacting genes linked with childhood wheeze.Conclusion: Our results show that both genes and environmental exposures contribute to recurrent wheeze in children as young as age 2, which is associated with asthma diagnosis later in childhood.Ongoing analyses include additional asthma-related phenotypes such as longitudinal lung function and positive skin prick tests to allergens as well as environmental variables such as pet ownership and nutrition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,274 | 0,122 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».