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Enregistrement W3159428315 · doi:10.7554/elife.66797

Myoglobin primary structure reveals multiple convergent transitions to semi-aquatic life in the world's smallest mammalian divers

2021· article· en· W3159428315 sur OpenAlexafffund
Kai He, Triston Eastman, Hannah Czolacz, Shuhao Li, Akio Shinohara, Shin‐ichiro Kawada, Mark S. Springer, Michael Berenbrink, Kevin L. Campbell

Notice bibliographique

RevueeLife · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHemoglobin structure and function
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Natural Science Foundation of ChinaNatural Science Foundation of Shanghai
Mots-clésMyoglobinConvergent evolutionPrimary (astronomy)BiologyEvolutionary biologyBiophysicsChemistryZoologyPhysicsBiochemistryPhylogenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The speciose mammalian order Eulipotyphla (moles, shrews, hedgehogs, solenodons) combines an unusual diversity of semi-aquatic, semi-fossorial, and fossorial forms that arose from terrestrial forbearers. However, our understanding of the ecomorphological pathways leading to these lifestyles has been confounded by a fragmentary fossil record, unresolved phylogenetic relationships, and potential morphological convergence, calling for novel approaches. The net surface charge of the oxygen-storing muscle protein myoglobin (Z Mb ), which can be readily determined from its primary structure, provides an objective target to address this question due to mechanistic linkages with myoglobin concentration. Here, we generate a comprehensive 71 species molecular phylogeny that resolves previously intractable intra-family relationships and then ancestrally reconstruct Z Mb evolution to identify ancient lifestyle transitions based on protein sequence alone. Our phylogenetically informed analyses confidently resolve fossorial habits having evolved twice in talpid moles and reveal five independent secondary aquatic transitions in the order housing the world’s smallest endothermic divers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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