Field Evaluation of the Finnzyme Mastitis Pathogen Detection System for Cows and Quarters Infected with Staphylococcus aureus
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus, a contagious pathogen, is one of the most important etiological agents of chronic, clinical and subclinical mastitis (Studer et al, 2008). S. aureus damages milk-producing tissue and significantly decreases milk production. Since damage is minimal and reversible in early infection and this infection is contagious, it would be advantageous to have a reliable and sensitive detection system in place to identify early infections in order that treatment and management to prevent spread could occur. Subclinical S. aureus infections are usually associated with elevated somatic cell counts (SCC) and confirmed by bacteriologic culture. Some significant limitations to the traditional culturebased systems for identifying S. aureus exist. Sears et al (1990) determined that even under ideal conditions the sensitivity of culturing quarter samples only reached 74.5%. Also, due to the cyclical nature of the shedding of S. aureus, the culture of samples collected over multiple days is necessary to conclusively establish the S. aureus infection status of a quarter. A real-time PCR-based reagent kit for bovine mastitis has been developed by Finnzymes. While more expensive than traditional culture-based systems, this system has a distinct advantage in that it can be applied to metered milk samples collected for general milk recording purposes by most Dairy Herd Improvement (DHI) organizations. The Finnzymes test system has been shown to be accurate in the detection of most mastitis-associated pathogens in laboratory testing. It has been proposed that this PCR-based test may be more convenient and more accurate than traditional culture-based systems in identifying cows with subclinical S. aureus infections. The first objective of this pilot project is to measure the agreement between a PCR-based diagnostic system and a culture-based system for identifying S. aureus infected cows and quarters. The second objective is to determine the cause(s) of disagreement that may occur between the two test systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».