Deep Soil Layers of Drought-Exposed Forests Harbor Poorly Known Bacterial and Fungal Communities
Notice bibliographique
Résumé
Soil microorganisms such as bacteria and fungi play important roles in the biogeochemical cycling of soil nutrients, because they act as decomposers or are mutualistic or antagonistic symbionts, thereby influencing plant growth and health. In the present study, we investigated the vertical distribution of the soil microbiome to a depth of 2 m in Swiss drought-exposed forests of European beech and oaks on calcareous bedrock. We aimed to disentangle the effects of soil depth, tree (beech, oak), and substrate (soil, roots) on microbial abundance, diversity, and community structure. With increasing soil depth, organic carbon, nitrogen, and clay content decreased significantly. Similarly, fine root biomass, microbial biomass (DNA content, fungal abundance), and microbial alpha-diversity decreased and were consequently significantly related to these physicochemical parameters. In contrast, bacterial abundance tended to increase with soil depth, and the bacteria to fungi ratio increased significantly with greater depth. Tree species was only significantly related to the fungal Shannon index but not to the bacterial Shannon index. Microbial community analyses revealed that bacterial and fungal communities varied significantly across the soil layers, more strongly for bacteria than for fungi. Both communities were also significantly affected by tree species and substrate. In deep soil layers, poorly known bacterial taxa fromNitrospirae, Chloroflexi, Rokubacteria, Gemmatimonadetes,Firmicutesand GAL 15 were overrepresented. Furthermore, archaeal phyla such asThaumarchaeotaandEuryarchaeotawere more abundant in subsoils than topsoils. Fungal taxa that were predominantly found in deep soil layers belong to the ectomycorrhizalBoletus luridusandHydnum vesterholtii. Both taxa are reported for the first time in such deep soil layers. Saprotrophic fungal taxa predominantly recorded in deep soil layers were unknown species ofXylaria. Finally, our results show that the microbial community structure found in fine roots was well represented in the bulk soil. Overall, we recorded poorly known bacterial and archaeal phyla, as well as ectomycorrhizal fungi that were not previously known to colonize deep soil layers. Our study contributes to an integrated perspective on the vertical distribution of the soil microbiome at a fine spatial scale in drought-exposed forests.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».