Identification and validation of novel biomarkers and therapeutics for pulpitis using connectivity mapping
Notice bibliographique
Résumé
AIM: To create an irreversible pulpitis gene signature from microarray data of healthy and inflamed dental pulps, followed by a bioinformatics approach using connectivity mapping to identify therapeutic compounds that could potentially treat pulpitis. METHODOLOGY: The Gene Expression Omnibus (GEO) database, an international public repository of genomics data sets, was searched for human microarray datasets assessing pulpitis. An irreversible pulpitis gene expression signature was generated by differential expression analysis. The statistically significant connectivity map (ssCMap) method was used to identify compounds with a highly correlating gene expression pattern. qPCR was used to validate novel pulpitis genes. An ex vivo pulpitis model was used to test the effects of the compounds identified, and the level of inflammatory cytokines was measured with qPCR, ELISA and multiplex array. Means were compared using the t-test or ANOVA with the level of significance set at p ≤ .05. RESULTS: Pulpitis gene signatures were created using differential gene expression analysis at cutoff points p = .0001 and .000018. Top upregulated genes were selected as potential pulpitis biomarkers. Among these, IL8, IL6 and MMP9 were previously identified as pulpitis biomarkers. Novel upregulated genes, chemokine (C-C motif) ligand 21 (CCL21), metallothionein 1H (MT1H) and aquaporin 9 (AQP9) were validated in the pulp tissue of teeth clinically diagnosed with irreversible pulpitis using qPCR. ssCMap analysis identified fluvastatin (Statin) and dequalinium chloride (Quaternary ammonium) as compounds with the strongest correlation to the gene signatures (p = .0001). Fluvastatin reduced IL8, IL6, CCL21, AQP9 (p < .001) and MMP9 (p < .05) in the ex vivo pulpitis model, while dequalinium chloride reduced AQP9 (p < .001) but had no significant effect on the other biomarkers. CONCLUSIONS: AQP9, MT1H and CCL21 were identified and validated as novel biomarkers for pulpitis. Fluvastatin and dequalinium chloride identified by the ssCMap as potential therapeutics for pulpitis reduced selected pulpitis biomarkers in an ex vivo pulpitis model. In vivo testing of these licenced drugs is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».