Genomic profiling in the placenta : toward a greater understanding of genetic variation contributing to placental insufficiency and fetal growth restriction
Notice bibliographique
Résumé
Fetal growth restriction (FGR) is a common pregnancy complication in which the fetus does not grow to its genetic potential due to a pathological cause, which puts it at greater risk for morbidity and mortality in the perinatal period and poor health outcomes in childhood and adulthood. Although the etiology of FGR is diverse, insufficient function of the placenta underlies many cases, as the placenta is a crucial organ to support fetal growth and development and a healthy pregnancy. One of the few established genetic contributors to placental insufficiency and non-syndromic FGR is trisomy confined to the placenta. Beyond this, the contribution of smaller genomic imbalances (copy number variants) or common single nucleotide variants and their impact on gene regulation in the placenta, for example through DNA methylation, remains largely unexplored. In this thesis, I hypothesized that placental genomic imbalances, including aneuploidy and copy number variants (CNVs), and candidate single nucleotide variants in a gene relevant to DNA methylation (DNAme) are associated with poor fetal growth and/or altered placental DNAme. Using molecular-cytogenetic and microarray techniques, I assessed aneuploidy and CNVs in placentas from infants born small-for-gestational age (SGA) and adequately-grown controls. I found that confined placental mosaicism of autosomal aneuploidies or rare candidate CNVs involving genes related to placental function or growth were present in about 18% of SGA cases, and that CNV load was not associated with SGA. I also characterized a novel case of eight 2-4 Mb duplications confined to the placenta of an infant with FGR, in which the CNVs arose de novo in a cell in the trophoblast lineage. Finally, I studied two candidate single nucleotide polymorphisms in MTHFR, involved in the metabolic pathway that produces one-carbon units for methylation reactions and purine synthesis. I found that these variants were not associated with altered placental DNAme, and that there was only a trend for increased risk of placental insufficiency complications of FGR and/or preeclampsia. Through these studies, I contributed to our understanding of genetic variation in the placenta and its association with FGR and placental insufficiency, and provided a foundation from which future studies can build.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».