MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3159732253 · doi:10.1088/1742-6596/1893/1/012013

A Review of Target Identification Strategies for Drug Discovery: from Database to Machine-Based Methods

2021· review· en· W3159732253 sur OpenAlexaff
Zehua Shangguan

Notice bibliographique

RevueJournal of Physics Conference Series · 2021
Typereview
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSupport vector machineIdentification (biology)Computer scienceDrug discoveryMachine learningArtificial intelligenceProcess (computing)Drug targetProperty (philosophy)Data miningDatabaseBioinformaticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In recent years, target identification has become more efficient than before, and it helped to discover huge amounts of drugs for various diseases. The mystery buried behind was the methods that developed in recent years utilized in the target identification. The advances and research status of database, biological assay and machine-based method in recent years for target identification would be integrated by this review. The various databases help scientists to find information about target property, chemical property or on genome level. The biological assay, such as RNAi, RNA sequencing, DNA microarray, and Gal4/UAS system, is commonly used to identify the target in recent years. The machine-based strategies, such as random forest algorithm and Support Vector Machine (SVM) algorithm, could help scientists identify the target and find compound activity more efficiently. Among the three methods mentioned above, the machine-based methods could have higher efficiency and lower cost while maintaining higher accuracy. Despite the promising properties of machine-based methods, the combination use of biological assay would still be necessary. With wider application of more efficient strategies, target identification, as well as drug discovery process, would gain more rapid development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,834
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,003
Science ouverte0,0020,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,101
Tête enseignante GPT0,436
Écart entre enseignants0,335 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Physics Conference SeriesMême sujetComputational Drug Discovery MethodsTravaux en français237 207