Phylogenetic analysis of 48 early sars-cov-2 genomes
Notice bibliographique
Résumé
Background: First isolated in December 2019, SARS-CoV-2 is the agent responsible for the ongoing breakout of COVID-19. Method: We curated an assembly of the first 48 full-length SARS-CoV-2 genomes isolated and sequenced across the world and performed a phylogenetic network analysis to monitor the emergence of genomic divergence in the global SARS-CoV-2 population. Results: We identified regions of the genome that have accumulated mutations producing non-synonymous changes at the protein level, suggesting ongoing adaptation of SARS-CoV-2 to its novel human host. We identified a strong L84S mutational signal in ORF8 (present in 29.16% of genomes) together with 12 variable sites in the region encoding non-structural protein Nsp3 that represent the strongest putative regions under selection in our dataset. We did not detect mutations in the coronavirus spike protein, which is reassuring for the vaccines currently available or are ongoing large-scale clinical trials. Conclusion: Our analysis provides a snapshot in time of a rapidly evolving pandemic based on available data. Our results are in line with previous findings that point to a common ancestor isolated in Wuhan that is likely to have circulated and spread worldwide. © 2021, University of Toronto. All rights reserved.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».