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Enregistrement W3160059695 · doi:10.1038/s41592-021-01162-y

QUAREP-LiMi: a community endeavor to advance quality assessment and reproducibility in light microscopy

2021· article· en· W3160059695 sur OpenAlexafffund
Ulrike Boehm, Glyn Nelson, Claire M. Brown, Steve Bagley, Peter Bajcsy, Johanna Bischof, Aurélien Dauphin, Ian M. Dobbie, John Eriksson, Orestis Faklaris, Julia Fernández-Rodrı́guez, Alexia Ferrand, Laurent Gelman, Ali Gheisari, Hella Hartmann, Christian Kukat, Alex Laude, Mišo Mitkovski, Sebastian Munck, Alison J. North, Tobias M. Rasse, Ute Resch‐Genger, Lucas C. Schuetz, Arne Seitz, Caterina Strambio‐De‐Castillia, Jason R. Swedlow

Notice bibliographique

RevueNature Methods · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchNational Cancer InstituteNational Institute of Standards and TechnologyUniversity of DundeeUniversity of OxfordVlaamse regeringBundesanstalt für Materialforschung und -PrüfungTechnische Universität DresdenUniversité de MontpellierGöteborgs UniversitetUniversität BaselKU LeuvenAlbert-Ludwigs-Universität FreiburgInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleMcGill UniversityDeutsche ForschungsgemeinschaftNewcastle UniversityCentre National de la Recherche ScientifiqueCancer Research UKUniversité de Recherche Paris Sciences et LettresChan Zuckerberg InitiativeEuropean Molecular Biology LaboratorySahlgrenska AkademinInfrastructures en Biologie Santé et AgronomieFriedrich Miescher Institute for Biomedical ResearchNational Institutes of HealthSilicon Valley Community Foundation
Mots-clésReproducibilityMicroscopyComputer scienceSet (abstract data type)CalibrationQuality (philosophy)Biomedical engineeringMedicineChemistryPathologyMathematicsPhysicsChromatographyStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The community-driven initiative Quality Assessment and Reproducibility for Instruments & Images in Light Microscopy (QUAREP-LiMi) wants to improve reproducibility for light microscopy image data through quality control (QC) management of instruments and images. It aims for a common set of QC guidelines for hardware calibration and image acquisition, management and analysis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,059
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,061
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,941
Score d'incertitude au seuil0,313

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0590,061
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0030,002
Communication savante0,0060,005
Science ouverte0,0110,009
Intégrité de la recherche0,0050,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0140,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,487
Écart entre enseignants0,460 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations74
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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