Integration of genome wide association studies and co‐expression networks reveal roles of <i>PtoWRKY</i><i>42‐PtoUGT76C1‐1</i> in <i>trans</i>‐zeatin metabolism and cytokinin sensitivity in poplar
Notice bibliographique
Résumé
Cytokinins are important for in vitro shoot regeneration in plants. Cytokinin N-glucosides are produced via an irreversible glycosylation pathway, which regulates the endogenous cytokinin content. Although cytokinin N-glucoside pathways have been uncovered in higher plants, no regulator has been identified to date. We performed a metabolome genome-wide association study (mGWAS), weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), and expression quantitative trait nucleotide (eQTN) mappings to build a core triple genetic network (mGWAS-gene expression-phenotype) for the trans-zeatin N-glucoside (ZNG) metabolite using data from 435 unrelated Populus tomentosa individuals. Variation of the ZNG level in poplar is attributed to the differential transcription of PtoWRKY42, a member of WRKY multigene family group IIb. Functional analysis revealed that PtoWRKY42 negatively regulated ZNG accumulation by binding directly to the W-box of the UDP-glycosyltransferase 76C 1-1 (PtoUGT761-1) promoter. Also, PtoWRKY42 was strongly induced by leaf senescence, 6-BA, wounding, and salt stress, resulting in a reduced ZNG level. We identified PtoWRKY42, a negative regulator of cytokinin N-glucosides, which contributes to the natural variation in ZNG level and mediates ZNG accumulation by directly modulating the key glycosyltransferase gene PtoUGT76C1-1.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».