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Enregistrement W3160929191 · doi:10.1101/2021.05.15.444315

DeepImageTranslator: a free, user-friendly graphical interface for image translation using deep-learning and its applications in 3D CT image analysis

2021· preprint· en· W3160929191 sur OpenAlexafffund
Run Zhou Ye, Christophe Noll, Gabriel Richard, Martin Lepage, Éric Turcotte, André C. Carpentier

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRadiomics and Machine Learning in Medical Imaging
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire de SherbrookeUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésComputer scienceDeep learningPipeline (software)Artificial intelligenceConvolutional neural networkSegmentationGraphical user interfaceGeneralizability theoryInterface (matter)Sample (material)Machine learningNoise (video)Pattern recognition (psychology)Data miningImage (mathematics)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Objectives The advent of deep-learning has set new standards in an array of image translation applications. At present, the use of these methods often requires computer programming experience. Non-commercial programs with graphical interface usually do not allow users to fully customize their deep-learning pipeline. Therefore, our primary objective is to provide a simple graphical interface that allows students and researchers with no programming experience to easily create, train, and evaluate custom deep-learning models for image translation. We also aimed to test the applicability of our tool (the DeepImageTranslator) in two different tasks: semantic segmentation and noise reduction of CT images. Methods The DeepImageTranslator was implemented using the Tkinter library; backend computations were implemented using Pillow, Numpy, OpenCV, Augmentor, Tensorflow, and Keras libraries. Convolutional neural networks (CNNs) were trained using DeepImageTranslator and assessed with three-way cross-validation. The effects of data augmentation, deep-supervision, and sample size on model accuracy were also systematically assessed. Results The DeepImageTranslator a simple tool that allows users to customize all aspects of their deep-learning pipeline, including the CNN, the training optimizer, the loss function, and the types of training image augmentation scheme. We showed that DeepImageTranslator can be used to achieve state-of-the-art accuracy and generalizability in semantic segmentation and noise reduction. Highly accurate 3D segmentation models for body composition can be obtained using training sample sizes as small as 17 images. Therefore, for studies with small datasets, researchers can randomly select a very small subset of images for manual labeling, which can then be used to train a specialized CNN model with DeepImageTranslator to fully automate segmentation of the entire dataset, thereby saving tremendous time and effort. Conclusions An open-source deep-learning tool for accurate image translation with a user-friendly graphical interface was presented and evaluated. This standalone software can be downloaded for Windows 10 at: https://sourceforge.net/projects/deepimagetranslator/

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,081
Score d'incertitude au seuil0,270

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0810,018

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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