Molecular Docking and Simulation Study to Identify Novel Potent Inhibitors Against FmtA in Staphylococcus Aureus
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus is a gram-positive bacterium causing pneumonia, endocarditis and sepsis. Screening for Staphylococcus aureus has resulted in the identification of auxillary genes like fmtA, llm, and other factors. FmtA possess novel hydrolytic activity toward the ester bond between D-Ala and the backbone of teichoic acids (TAs). TAs are polyol-phosphate polymers found in the Staphylococcus aureus cell wall that play important roles in antibiotic resistance and pathogenesis. Two of the PRPs conserved motifs, namely SXXK and Y(S)XN, are involved in the hydrolysis by FmtA, but its catalytic mechanism remains elusive. In the present study, we determined the crystal structure and identified the potent inhibitors that can effectively bind to FmtA. We screened active compounds and the binding affinity was confirmed using molecular docking study. The enzyme-ligand complex which showed higher binding affinity than substrate was employed for subsequent analysis. Molecular dynamics studies were utilized to validate the dynamics and stability of top scoring protein-inhibitor complex using GROMACS 5.1.4. Molecular dynamics revealed a similar pattern of deviation, fluctuation, and compactness in the protein-inhibitor complex as compared to the protein-substrate complex. Further, in-vitro binding assays will be performed to check the inhibition of novel esterase for the inhibition of Staphylococcus aureus.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle