A Molecular Analysis of Microalgae from Around the Globe to Revise <i>Raphidonema</i> (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)
Notice bibliographique
Résumé
We isolated five microalgal strains from alpine snow near Vancouver, Canada, which display morphological features suggestive of the genera Koliella and Raphidonema. Due to variations in cell size and shape, we could not make a clear delimitation based on morphology. We proceeded to a molecular analysis and included 22 strains from the CCCryo culture collection, previously identified as members of four closely related genera: Raphidonema, Koliella, Stichococcus, and Pseudochlorella. For greater taxonomic context in our phylogenetic analysis, we also obtained authentic strains for the type species of Koliella and Pseudochlorella, but were unable to find one for Raphidonema. To examine generic boundaries, we did a phylogenetic analysis on the rbcL gene for all strains, establishing distinct lineages. Our novel isolates fell within Raphidonema, and so we analyzed the ITS2 gene of all Raphidonema strains to delimit species. To support species delimitations, we did a Compensatory Base Change analysis using the secondary structure of the ITS2 gene to assist in aligning the sequence. We also computed a maximum likelihood phylogenetic tree to examine species clades of Raphidonema. We assigned epitypes for two Raphidonema species based on the best morphological match to strains in the ITS2 clades. We then amended their diagnoses so they can be more reliably identified using DNA sequence data. We also propose two new species, R. catena and R. monicae, that formed their own species clades according to our ITS2 analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».