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Enregistrement W3161622382 · doi:10.1073/pnas.2021655118

The evolution and changing ecology of the African hominid oral microbiome

2021· article· en· W3161622382 sur OpenAlexaff
James A. Fellows Yates, Irina M. Velsko, Franziska Aron, Cosimo Posth, Courtney A. Hofman, Rita M. Austin, Cody Parker, Allison E. Mann, Kathrin Nägele, Kathryn Weedman Arthur, John Arthur, Catherine Bauer, Isabelle Crèvecoeur, Christophe Cupillard, Matthew C. Curtis, Love Dalén, Marta Díaz‐Zorita Bonilla, Juan Carlos Díez Fernández-Lomana, Dorothée G. Drucker, Elena Escribano Escrivá, Michael Francken, Victoria E. Gibbon, Manuel R. González Morales, Ana Grande Mateu, Katerina Harvati, Amanda G. Henry, Louise Humphrey, Mario Menéndez, Dušan Mihailović, Marco Peresani, Sofía Rodríguez Moroder, Mirjana Roksandić, Hélène Rougier, Sandra Sázelová, Jay T. Stock, Lawrence Guy Straus, Jiřı́ Svoboda, Barbara Teßmann, Michael Walker, Robert C. Power, Cecil M. Lewis, Krithivasan Sankaranarayanan, Katerina Guschanski, Richard W. Wrangham, Floyd E. Dewhirst, Domingo C. Salazar‐García, Johannes Krause, Alexander Herbig, Christina Warinner

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineDentistry
ThématiqueOral microbiology and periodontitis research
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of Winnipeg
Organismes subventionnairesNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésMicrobiomeBiologyOral MicrobiomeHominidaeEvolutionary biologyHuman microbiomeHuman evolutionEcologyAdaptation (eye)MetagenomicsZoologyBiological evolutionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance The microbiome plays key roles in human health, but little is known about its evolution. We investigate the evolutionary history of the African hominid oral microbiome by analyzing dental biofilms of humans and Neanderthals spanning the past 100,000 years and comparing them with those of chimpanzees, gorillas, and howler monkeys. We identify 10 core bacterial genera that have been maintained within the human lineage and play key biofilm structural roles. However, many remain understudied and unnamed. We find major taxonomic and functional differences between the oral microbiomes of Homo and chimpanzees but a high degree of similarity between Neanderthals and modern humans, including an apparent Homo -specific acquisition of starch digestion capability in oral streptococci, suggesting microbial coadaptation with host diet.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations180
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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