Comparative bacterial genomics and fish vaccinology: genomic and phenotypic analysis of Vibrio anguillarum isolated from lumpfish (Cyclopterus lumpus) and vaccine evaluation in sablefish (Anoplopoma fimbria) against Aeromonas salmonicida
Notice bibliographique
Résumé
Although aquaculture is the fastest growing food-producing industry in the world, it is negatively impacted by parasites and infectious diseases. Bacterial infections are the most important diseases of emergent Canadian aquaculture species such as lumpfish (Cyclopterus lumpus) and sablefish (Anoplopoma fimbria). Aeromonas salmonicida and Vibrio anguillarum, both Gram-negative pathogens, are the most prevalent infectious diseases agents affecting lumpfish aquaculture in the North Atlantic, meanwhile A. salmonicida is the most common pathogen in the sablefish aquaculture industry in the Pacific coast. Comparative genomic analysis of V. anguillarum and A. salmonicida isolates from lumpfish and sablefish outbreaks, respectively, can provide insights into bacterial evolution and virulence, and contribute to effective vaccine design programs. Currently, there are no commercial vaccines available specifically for lumpfish against V. anguillarum, and for sablefish against A. salmonicida. Therefore, the objectives of this study were to: i) analyze the genome and phenotype of V. anguillarum strain J360 isolated from infected lumpfish (Chapter 2); and ii) develop an infection model for atypical A. salmonicida strain J410 in sablefish to evaluate commercial vaccines and an autogenous vaccine (Chapter 3).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».