MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3161865177 · doi:10.1101/2021.05.19.444704

Semaphorin3f as an intrinsic regulator of chamber-specific heart development

2021· preprint· en· W3161865177 sur OpenAlexafffund
Rami Halabi, Paula Bernice Cechmanek, Carrie L. Hehr, Sarah McFarlane

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchAlberta Innovates
Mots-clésZebrafishHeart developmentInternal medicineBiologyPenetranceHeart failureAtrium (architecture)Cell biologyMuscle hypertrophyPhenotypeCardiologyGeneEndocrinologyMedicineGeneticsEmbryonic stem cell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract During development a pool of precursors form a heart with atrial and ventricular chambers that exhibit distinct transcriptional and electrophysiological properties. Normal development of these chambers is essential for full term survival of the fetus, and deviations result in congenital heart defects. The large number of genes that may cause congenital heart defects when mutated, and the genetic variability and penetrance of the ensuing phenotypes, reveals a need to understand the molecular mechanisms that allow for the formation of chamber-specific cardiomyocyte differentiation. We find that in the developing zebrafish heart, mRNA for a secreted Semaphorin (Sema), Sema3fb, is expressed by all cardiomyocytes, whereas mRNA for its receptor Plexina3 (Plxna3) is expressed by ventricular cardiomyocytes. In sema3fb CRISPR zebrafish mutants, ventricular chamber development is impaired; the ventricles of mutants are smaller in size than their wild type siblings, apparently because of differences in cell size and not cell numbers, with ventricular cardiomyocytes failing to undergo normal developmental hypertrophy. Analysis of chamber differentiation indicates defects in chamber specific gene expression at the border between the ventricular and atrial chambers, with spillage of ventricular chamber genes into the atrium, and vice versa, and a failure to restrict bmp4a mRNA to the atrioventricular canal. The disrupted atrioventricular border region in mutants is accompanied by hypoplastic heart chambers and impaired cardiac function. These data suggest a model whereby cardiomyocytes secrete a Sema cue that, through spatially restricted expression of the receptor, signals in a ventricular chamber-specific manner to establish a distinct border between atrial and ventricular chambers that is important for functional development of the heart.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetCongenital heart defects researchTravaux en français237 207