Analysis of convergent and parallel amino acid substitutions in the HSP90AA1 gene among high-elevation anurans
Notice bibliographique
Résumé
A significant amount of convergent and parallel amino acid substitutions in the HSP90AA1 gene has been detected among four species of high-elevation anurans: Bufo tibetanus, Scutiger boulengeri, Rana kukunoris, and Nanorana parkeri. As HSP proteins are involved in response to environmental stress, it is possible these mutations play a role in high-elevation adaptation. In this study, I investigated the functional consequences of these substitutions and inferred their potential links to adaptation. I examined HSP90AA1 sequences of 13 anuran species previously studied. Using PROVEAN, I isolated three deleterious mutations: P65S, K195A, and _199I, each shared between two of the high-elevation species. I further analyzed the protein structure, stability change, and structural damage using model predictions. Based on its buried location and cavity expansion, P65S was predicted to most likely alter protein function. Furthermore, I examined HSP90AA1 sequences of over 100 other animal species available from public databases and found that serine at site 65 is ubiquitously present in cold-water fish, suggesting the substitution is related to cold adaptation. Alanine at site 195 and isoleucine at site 199 were not found in any other species, but these substitutions also might impact protein function as they are predicted to be destabilizing and their ancestral residues have reported post-translational modifications in orthologs. Tests of protein function and an investigation of more sequences from high-elevation species would help to further link these substitutions to adaptation, particularly P65S. Identifying mutations that contribute to high-elevation adaptation would aid in uncovering the molecular mechanisms of adaptation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».