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Enregistrement W3162432088 · doi:10.1007/s00784-021-03962-0

Complementing the pulp proteome via sampling with a picosecond infrared laser (PIRL)

2021· article· en· W3162432088 sur OpenAlexaff
Yaghoup Feridouni Khamaneh, Parnian Kiani, R. J. Dwayne Miller, Hartmut Schlüter, Reinhard E. Friedrich

Notice bibliographique

RevueClinical Oral Investigations · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineDentistry
ThématiqueOral microbiology and periodontitis research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesUniversitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
Mots-clésProteomePulp (tooth)ProteomicsTrypsinChemistryDentistryComputational biologyBioinformaticsBiologyBiochemistryMedicineGeneEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVES: The aim of this investigation was the detailed analysis of the human pulp proteome using the new picosecond infrared laser (PIRL)-based sampling technique, which is based on a completely different mechanism compared to mechanical sampling. Proteome analysis of healthy pulp can provide data to define changes in the proteome associated with dental disease. MATERIAL AND METHODS: Immediately after extraction of the entire, undamaged tooth, 15 wisdom teeth were deep frozen in liquid nitrogen and preserved at -80°C. Teeth were crushed, and the excised frozen pulps were conditioned for further analysis. The pulps were sampled using PIRL, and the aspirates digested with trypsin and analyzed with mass spectrometry. Pulp proteins were categorized according to their gene ontology terminus. Proteins identified exclusively in this study were searched in the Human Protein Atlas (HPA) for gaining information about the main known localization and function. RESULTS: A total of 1348 proteins were identified in this study. The comparison with prior studies showed a match of 72%. Twenty-eight percent of the proteins were identified exclusively in this study. Considering HPA, almost half of these proteins were assigned to tissues that could be pulp specific. CONCLUSION: PIRL is releasing proteins from the dental pulp which are not dissolved by conventional sampling techniques. Clinical Relevance The presented data extend current knowledge on dental pulp proteomics in healthy teeth and can serve as a reference for studies on pulp proteomics in dental disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,224
Score d'incertitude au seuil0,998

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,195
Tête enseignante GPT0,420
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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