Taxonomic classification of the bacterial endosymbiont <i>Wolbachia</i> based on next-generation sequencing: is there molecular evidence for its presence in tardigrades?
Notice bibliographique
Résumé
We used high-throughput sequencing of 16S rRNA to test whether tardigrade species are infected with Wolbachia parasites. We applied SILVA and Greengenes databases that allowed taxonomic classification of bacterial sequences to OTUs. The results obtained from both databases differed considerably in the number of OTUs, and only the Greengenes database allowed identification of Wolbachia (infection was also supported by comparison of sequences to NCBI database). The putative bacterial endosymbiont Wolbachia was discovered only in adult eutardigrades, while bacteria identified down to the order Rickettsiales were detected in both eutardigrade eggs and adult specimens. Nevertheless, the frequency of Wolbachia in the bacterial communities of the studied eutardigrades was low. Similarly, in our positive control, i.e., a fairy shrimp Streptocephalus cafer, which was found to be infected with Wolbachia in our previous study using Sanger sequencing, only the Rickettsiales were detected. We also carried out phylogenetic reconstruction using Wolbachia sequences from the SILVA and Greengenes databases, Alphaproteobacteria putative endosymbionts and Rickettsiales OTUs obtained in previous studies on the microbial community of tardigrades, and Rickettsiales and Wolbachia OTUs obtained in the current study. Our discovery of Wolbachia in tardigrades can fuel new research to uncover the specifics of this interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».