Quantitative characterization of human oncogene promoter G‐quadruplex DNA‐ligand interactions using a combination of mass spectrometry and capillary electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Human c‐KIT oncogene is known to regulate cell growth and proliferation, and thus, acts as a probable target in the treatment of gastrointestinal tumors (GIST). To identify small molecule ligands which can specifically bind with the G‐quadruplex (G4) in the c‐KIT promoter region as potential antitumor agents, we propose the combination of electrospray ionization–mass spectrometry (ESI‐MS), capillary electrophoresis frontal analysis (CE‐FA), and Taylor dispersion analysis (TDA) to accurately investigate the G4/ligands binding properties. First, ESI–MS was used for initial screening of natural products (NPs). CE‐FA was then used to calculate specific binding constants and the stoichiometry of the native state binding pair in solution. Next, TDA, a micro‐capillary flow technique was used to examine the effect of the ligand binding on the diffusivity and particle size of the c‐KIT G4. Two of the screened NPs, scopolamine butylbromide (L1) and isorhamnetin‐3‐O‐neohesperidoside (L3), were found to specifically bind to the c‐KIT G4 with binding constants of around 104 M–1 and 1:1 stoichiometry in a free solution. TDA data showed that ligand binding (both L1 and L3) induced the c‐KIT strands to fold into a tightly structured G4 with a decreased hydrodynamic radius. These ligands have the potential to be drug candidates for the regulation of c‐KIT gene transcription by stabilizing the G4 structure. This methodology not only increased the speed of analysis but also improved its accuracy and specificity compared with the conventional binding approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».