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A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa
Eduan Wilkinson, Marta Giovanetti, Houriiyah Tegally, James Emmanuel San, Richard Lessells, Diego F. Cuadros, Darren P. Martin, David A. Rasmussen, Abdel‐Rahman N. Zekri, Abdoul Karim Sangaré, Abdoul–Salam Ouédraogo, Abdul Karim Sesay, Priscilla Abechi, Adedotun-Sulaiman Kemi, Adewunmi M. Olubusuyi, Oluwapelumi O. Adeyemi, Adnene Hammami, Adrienne Amuri-Aziza, Ahmad Sayed, Ahmed E. O. Ouma, Aida Elargoubi, Nnennaya Anthony Ajayi, Ajogbasile F. Victoria, Kazeem Akano, Akpede George, Alexander J. Trotter, Yahaya Ali Ahmed, Alpha Kabinet Kéita, Amadou Diallo, A. Koné, Amal Souissi, Amel Chtourou, Ana Victoria Gutiérrez, Andrew J. Page, Anika Vinzé, Arash Iranzadeh, Arnold W. Lambisia, Arshad Ismail, Rosemary Audu, Augustina Angelina Sylverken, Femi Ayoade, Azeddine Ibrahimi, Baba M, Bamidele Soji Oderinde, Bankole Bolajoko, Beatrice Dhaala, Belinda L. Herring, Berthe‐Marie Njanpop‐Lafourcade, Bronwyn McInnis, Bryan Tegomoh, Cara E. Brook, Catherine Pratt, Cathrine Scheepers, Chantal Akoua‐Koffi, Charles N. Agoti, Christophe N. Peyrefitte, Claudia Daubenberger, Collins M. Morang’a, D. James Nokes, Daniel G. Amoako, Daniel Lule Bugembe, Daniel J. Park, David Baker, Deelan Doolabh, Deogratius Ssemwanga, Derek Tshiabuila, Bassirou Diarra, Dominic S. Y. Amuzu, Dominique Goedhals, Donwilliams O. Omuoyo, Dorcas Maruapula, Ebenezer Foster-Nyarko, Eddy Kinganda-Lusamaki, Edgar Simulundu, Edidah M. Ong’era, Edith Nkwembe Ngabana, Edwin Shumba, Elmostafa El Fahime, Emmanuel Lokilo, Enatha Mukantwari, Eromon Philomena, Essia Belarbi, Etienne Simon‐Lorière, Etilé A. Anoh, Fabian H. Leendertz, F. Ajili, Fakayode O. Enoch, Wasfi Farès, Fatma Abdelmoula, Fausta Mosha, Faustinos Tatenda Takawira, Fawzi Derrar, Fériel Bouzid, Onikepe Folarin, Fowotade Adeola, Francisca Muyembe, Frank Tanser, Fred Athanasius Dratibi, Gabriel K. Mbunsu, Gaëtan Thilliez, Gemma L. Kay, George Githinji, Gert U. van Zyl, Gordon A. Awandare, Grit Schubert, Gugu Maphalala, Hafaliana Christian Ranaivoson, Hajar Lemriss, Anise Happi, Haruka Abe, Héla Karray, Hellen Nansumba, Hesham A. Elgahzaly, Hlanai Gumbo, Ibtihel Smeti, Ikhlas Ben Ayed, Ikponmwosa Odia, Ilhem Boutiba Ben Boubaker, Imed Gaâloul, Inbal Gazy, Innocent Mudau, Isaac Ssewanyana, Iyaloo Konstantinus, Jean B. Lekana-Douk, Jean-Claude Makangara-Cigolo, Jean‐Jacques Muyembe Tamfum, Jean‐Michel Héraud, Jeffrey G. Shaffer, Jennifer Giandhari, Jiro Yasuda, Joana Q. Mends, Jocelyn Kiconco, John Mwita Morobe, John O. Gyapong, Johnson Okolie, John Kayiwa, Johnathan A. Edwards, Jones Gyamfi, Jouali Farah, Joweria Nakaseegu, Joyce M. Ngoi, Joyce Namulondo, Julia C. Andeko, Julius J. Lutwama, Justin O’Grady, Katherine J. Siddle, Kayode T. Adeyemi, Kefentse A. Tumedi, Khadija Said Mohammed, Hae‐Young Kim, Kwabena Obeng Duedu, Lahcen Belyamani, Lamia Fki‐Berrajah, Lavanya Singh, Leonardo de Oliveira Martins, Lynn Tyers, Magalutcheemee Ramuth, Maha Mastouri, Mahjoub Aouni, Mahmoud El Hefnawi, Maitshwarelo Matsheka, Malebogo Kebabonye, Mamadou Diop, Manel Turki, Mariétou F Paye, Martin M. Nyaga, Mathabo Mareka, Damaris Matoke-Muhia, Maureen W. Mburu, Maxmillian Mpina, Nwando Mba, Michael Owusu, Michael R. Wiley, Mirabeau T. Youtchou, Mitoha Ondo’o Ayekaba, Mohamed Abouelhoda, Mohamed G. Seadawy, Mohamed K. Khalifa, Mooko Sekhele, Mouna Ouadghiri, Moussa Moïse Diagne, Mulenga Mwenda, Mushal Allam, My V. T. Phan, Nabil Abid, Nadia Touil, Nadine Rujeni, Najla Kharrat, Nália Ismael, Ndongo Dia, Nédio Mabunda, Marvin Hsiao, Nelson Boricó Silochi, Ngoy Nsenga, Nicksy Gumede, Nicola Mulder, Nnaemeka Ndodo, Norosoa Harline Razanajatovo, Nosamiefan Iguosadolo, Judith U. Oguzie, Ojide C. Kingsley, Okogbenin Sylvanus, Okokhere Peter, Femi Oladiji, Idowu B. Olawoye, Testimony Olumade, Omoruyi Ewean Chukwuma, Onwe Emeka Ogah, Chika Onwuamah, Oshomah Cyril, Ousmane Faye, Oyewale Tomori, Pascale Ondoa, P Combe, Patrick Semanda, Paul E. Oluniyi, Paulo Arnaldo, Peter K. Quashie, Philippe Dussart, Phillip Armand Bester, Placide Mbala, Reuben Ayivor-Djanie, Richard Njouom, Richard Odame Phillips, Richmond Gorman, Robert A. Kingsley, Rosina Carr, Saâd El Kabbaj, Saba Gargouri, Saber Masmoudi, Safiétou Sankhe, Salako B. Lawal, Samar K. Kassim, Sameh Trabelsi, Samar Metha, S. Kammoun, Sanaâ Lemriss, Sara H. A. Agwa, Sébastien Calvignac‐Spencer, S. F. Schaffner, Seydou Doumbia, Sheila Makiala Mandanda, Sherihane Aryeetey, Shymaa S. Ahmed, Siham Elhamoumi, S. F. Andriamandimby, Sobajo Tope, Sonia Etenna Lekana-Douki, Sophie J. Prosolek, Soumeya Ouangraoua, Steve Ahuka Mundeke, Steven Rudder, Sumir Panji, Sureshnee Pillay, Susan Engelbrecht, Susan Nabadda, Sylvie Behillil, Sylvie L. Budiaki, Sylvie van der Werf, Tapfumanei Mashe, Tarik Aanniz, Thabo Mohale, Thanh Le-Viet, Tobias Schindler, Ugochukwu J. Anyaneji, Chinedu Ugwu, Upasana Ramphal, Uwanibe Jessica, Uwem E. George, Vagner Fonseca, Vincent Enouf, Vivianne Gorova, Wael H. Roshdy, William Ampofo, Wolfgang Preiser, Wonderful T. Choga, Yaw Bediako, Yeshnee Naidoo, Yvan Butera, Zaydah R. de Laurent, Amadou A. Sall, Ahmed Rebaï, Anne von Gottberg, Bourèma Kouriba, Carolyn Williamson, Daniel J. Bridges, Ihekweazu Chikwe, Jinal N. Bhiman, Madisa Mine, Matthew Cotten, Sikhulile Moyo, Simani Gaseitsiwe, Ngonda Saasa, Pardis C. Sabeti, Pontiano Kaleebu, Yenew Kebede Tebeje, Sofonías K. Tessema, Christian Happi, John N. Nkengasong, Túlio de Oliveira
Notice bibliographique
RevueScience · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCommon FundFaculty of Medicine and Health, University of SydneyBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNYU Grossman School of MedicineCenters for Disease Control and PreventionFogarty International CenterNational Institutes of HealthUniversity of Health and Allied SciencesRobert Koch InstitutNigerian Institute of Medical ResearchForeign, Commonwealth and Development OfficeUniversité de Tunis El ManarEuropean and Developing Countries Clinical Trials PartnershipKwame Nkrumah University of Science and TechnologyMedical Research CouncilAfrican Academy of SciencesNational Health Laboratory ServiceELMA FoundationQuadram Institute BioscienceCentre National pour la Recherche Scientifique et TechniqueUniversité de SfaxUniversiteit van die VrystaatUnited States Agency for International DevelopmentJapan International Cooperation AgencyUniversiteit StellenboschWorld Health OrganizationCentre International de Recherches Médicales de FrancevilleScience and Technology Research Partnership for Sustainable DevelopmentSouth African Medical Research CouncilHebrew University of JerusalemNational Research CentreBelgisch OntwikkelingsagentschapDepartment for International DevelopmentNew Partnership for Africa's DevelopmentFondation MérieuxKing Faisal Specialist Hospital and Research CentreBundesministerium für Bildung und ForschungUniversité de TunisInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleUniversité Mohammed V de RabatUniversity of GhanaNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesUniversity of WarwickLondon School of Hygiene and Tropical MedicineYork UniversityInstitut Pasteur de TunisCenters for Disease Control and Prevention FoundationSkoll FoundationDrexel UniversityDepartment of Health and Social CareAin Shams UniversityPhilanthropic Educational OrganizationAustralian GovernmentNational Human Genome Research InstituteAlliance for Accelerating Excellence in Science in AfricaInnovative Genomics InstituteUK Research and InnovationJapan Agency for Medical Research and DevelopmentGovernment of the United KingdomNational Institute for Health and Care ResearchFraternal Order of EaglesOxford Nanopore TechnologiesWellcome TrustCairo UniversityDirectorate for Biological SciencesUniversité MonastirTulane UniversityU.S. Department of Health and Human ServicesEmory UniversityOpen Philanthropy ProjectRockefeller FoundationWorld Bank GroupUniversity of Nebraska Medical CenterBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésPandemicOutbreakSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Transmission (telecommunications)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)Coronavirus2019-20 coronavirus outbreakGeographyVirologyDevelopment economicsBiologyMedicineDiseaseInfectious disease (medical specialty)Economics
Résumé
The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,262
Score d'incertitude au seuil0,232
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,087
Tête enseignante GPT0,357
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations236
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui