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Enregistrement W3163853455 · doi:10.3389/fchem.2021.674265

Global-Scale Metabolomic Profiling of Human Hair for Simultaneous Monitoring of Endogenous Metabolome, Short- and Long-Term Exposome

2021· article· en· W3163853455 sur OpenAlexafffund
Ying Chen, Jian Guo, Shipei Xing, Huaxu Yu, Tao Huan

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Chemistry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésExposomeMetabolomeMetabolomicsEndogenyChemistryChromatographyBiologyComputational biologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hair is a unique biological matrix that adsorbs short-term exposures (e. g., environmental contaminants and personal care products) on its surface and also embeds endogenous metabolites and long-term exposures in its matrix. In this work, we developed an untargeted metabolomics workflow to profile both temporal exposure chemicals and endogenous metabolites in the same hair sample. This analytical workflow begins with the extraction of short-term exposures from hair surfaces through washing. Further development of mechanical homogenization extracts endogenous metabolites and long-term exposures from the cleaned hair. Both solutions of hair wash and hair extract were analyzed using ultra-high-performance liquid chromatography-high-resolution mass spectrometry (UHPLC-HRMS)-based metabolomics for global-scale metabolic profiling. After analysis, raw data were processed using bioinformatic programs recently developed specifically for exposome research. Using optimized experimental conditions, we detected a total of 10,005 and 9,584 metabolic features from hair wash and extraction samples, respectively. Among them, 274 and 276 features can be definitively confirmed by MS 2 spectral matching against spectral library, and an additional 3,356 and 3,079 features were tentatively confirmed as biotransformation metabolites. To demonstrate the performance of our hair metabolomics, we collected hair samples from three female volunteers and tested their hair metabolic changes before and after a 2-day exposure exercise. Our results show that 645 features from wash and 89 features from extract were significantly changed from the 2-day exposure. Altogether, this work provides a novel analytical approach to study the hair metabolome and exposome at a global scale, which can be implemented in a wide range of biological applications for a deeper understanding of the impact of environmental and genetic factors on human health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,220
Score d'incertitude au seuil0,973

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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