Transcriptome comparison of dengue-susceptible and -resistant field derived strains of Colombian Aedes aegypti using RNA-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Forty percent of the world's population live in areas where they are at risk from dengue fever, dengue hemorrhagic fever, and dengue shock syndrome. Dengue viruses are transmitted primarily by the mosquito Aedes aegypti. In Cali, Colombia, approximately 30% of field collected Ae. aegypti are naturally refractory to all four dengue serotypes. OBJECTIVES: Use RNA-sequencing to identify those genes that determine refractoriness in feral mosquitoes to dengue. This information can be used in gene editing strategies to reduce dengue transmission. METHODS: We employed a full factorial design, analyzing differential gene expression across time (24, 36 and 48 h post bloodmeal), feeding treatment (blood or blood + dengue-2) and strain (susceptible or refractory). Sequences were aligned to the reference Ae. aegypti genome for identification, assembled to visualize transcript structure, and analyzed for dynamic gene expression changes. A variety of clustering techniques was used to identify the differentially expressed genes. FINDINGS: We identified a subset of genes that likely assist dengue entry and replication in susceptible mosquitoes and contribute to vector competence. MAIN CONCLUSIONS: The differential expression of specific genes by refractory and susceptible mosquitoes could determine the phenotype, and may be used to in gene editing strategies to reduce dengue transmission.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».