Single-cell RNA-sequencing reveals thoracolumbar vertebra heterogeneity and rib-genesis in pigs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Thoracolumbar vertebra (TLV) and rib primordium (RP) development is a common evolutionary feature across vertebrates although whole-organism analysis of TLV and RP gene expression dynamics has been lacking. Here we investigated the single-cell transcriptomic landscape of thoracic vertebra (TV), lumbar vertebra (LV), and RP cells from a pig embryo at 27 days post-fertilization (dpf) and identified six cell types with distinct gene-expression signatures. In-depth dissection of the gene-expression dynamics and RNA velocity revealed a coupled process of osteogenesis and angiogenesis during TLV and rib development. Further analysis of cell-type-specific and strand-specific expression uncovered the extremely high levels of HOXA10 3’-UTR sequence specific to osteoblast of LV cells, which may function as anti- HOXA10 -antisense by counteracting the HOXA10 -antisense effect to determine TLV transition. Thus, this work provides a valuable resource for understanding embryonic osteogenesis and angiogenesis underlying vertebrate TLV and RP development at the cell-type-specific resolution, which serves as a comprehensive view on the transcriptional profile of animal embryo development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».