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Enregistrement W3165190372 · doi:10.1016/j.antiviral.2021.105103

Chromatin-mediated epigenetic regulation of HSV-1 transcription as a potential target in antiviral therapy

2021· review· en· W3165190372 sur OpenAlexaff
Luis M. Schang, MiYao Hu, Esteban Flores Cortes, Kairui Sun

Notice bibliographique

RevueAntiviral Research · 2021
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHerpesvirus Infections and Treatments
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Human Genome Research InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésLytic cycleEpigeneticsChromatinBiologyHistoneVirus latencyGene silencingEpigenetic therapyCell biologyGeneticsViral replicationComputational biologyVirusDNA methylationGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The ability to establish, and reactivate from, latent infections is central to the biology and pathogenesis of HSV-1. It also poses a strong challenge to antiviral therapy, as latent HSV-1 genomes do not replicate or express any protein to be targeted. Although the processes regulating the establishment and maintenance of, and reactivation from, latency are not fully elucidated, the current general consensus is that epigenetics play a major role. A unifying model postulates that whereas HSV-1 avoids or counteracts chromatin silencing in lytic infections, it becomes silenced during latency, silencing which is somewhat disrupted during reactivation. Many years of work by different groups using a variety of approaches have also shown that the lytic HSV-1 chromatin is distinct and has unique biophysical properties not shared with most cellular chromatin. Nonetheless, the lytic and latent viral chromatins are typically enriched in post translational modifications or histone variants characteristic of active or repressed transcription, respectively. Moreover, a variety of small molecule epigenetic modulators inhibit viral replication and reactivation from latency. Despite these successes in culture and animal models, it is not obvious how epigenetic modulation would be used in antiviral therapy if the same epigenetic mechanisms governed viral and cellular gene expression. Recent work has highlighted several important differences between the viral and cellular chromatins, which appear to be of consequence to their respective epigenetic regulations. In this review, we will discuss the distinctiveness of the viral chromatin, and explore whether it is regulated by mechanisms unique enough to be exploited in antiviral therapy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,124
Tête enseignante GPT0,449
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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