SARS‐CoV‐2′s claimed natural origin is undermined by issues with genome sequences of its relative strains
Notice bibliographique
Résumé
RaTG13, MP789, and RmYN02 are the strains closest to SARS-CoV-2, and their existence came to light only after the start of the pandemic. Their genomes have been used to support a natural origin of SARS-CoV-2 but after a close examination all of them exhibit several issues. We specifically address the presence in RmYN02 and closely related RacCSxxx strains of a claimed natural PAA/PVA amino acid insertion at the S1/S2 junction of their spike protein at the same position where the PRRA insertion in SARS-CoV-2 has created a polybasic furin cleavage site. We show that RmYN02/RacCSxxx instead of the claimed insertion carry a 6-nucleotide deletion in the region and that the 12-nucleotide insertion in SARS-CoV-2 remains unique among Sarbecoviruses. Also, our analysis of RaTG13 and RmYN02's metagenomic datasets found unexpected reads which could indicate possible contamination. Because of their importance to inferring SARS-CoV-2's origin, we call for a careful reevaluation of RaTG13, MP789 and RmYN02 sequencing records and assembly methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».