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Enregistrement W3165423474 · doi:10.1002/jat.4201

Proteomic analysis using isobaric tags for relative and absolute quantification technology reveals mechanisms of toxic effects of tris (1,3‐dichloro‐2‐propyl) phosphate on RAW264.7 macrophage cells

2021· article· en· W3165423474 sur OpenAlexaff
Wei Zhang, Ruiguo Wang, John P. Giesy, Su Zhang, Shulin Wei, Peilong Wang

Notice bibliographique

RevueJournal of Applied Toxicology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesNational Key Research and Development Program of ChinaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésApoptosisKEGGChemistryProgrammed cell deathSignal transductionDNA damageIsobaric labelingToxicityCell biologyProteomicsBiochemistryQuantitative proteomicsBiologyGeneGene expressionDNATranscriptome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tris (1,3-dichloro-2-propyl) phosphate (TDCIPP) is one of the most commonly used organophosphorus flame retardants. Immuno-toxicity induced by TDCIPP is becoming of increasing concern. However, effects of TDCIPP on immune cells and mechanisms resulting in those effects are poorly understood. In this study, it was determined, for the first time, by use of isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ) based proteomic techniques expression of global proteins in RAW264.7 cells exposed to 10 μM TDCIPP. A total of 180 significantly differentially expressed proteins (DEPs) were identified. Of these, 127 were up-regulated and 53 were down-regulated. The DEPs associated with toxic effects of TDCIPP were then screened by use of Gene Ontology and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes for enrichment analysis. Results showed that these DEPs were involved in a number of pathways including apoptosis, DNA damage, cell cycle arrest, immune-toxicity, and signaling pathways, such as the Toll-like receptor, PPAR and p53 signaling pathways. The complex regulatory relationships between different DEPs, which might play an important role in cell death were also observed in the form of a protein-protein interaction network. Meanwhile, mitochondrial membrane potential (MMP) in RAW264.7 cells after TDCIPP treatment was also analyzed, the collapse of the MMP was speculated to play an important role in TDCIPP induced apoptosis. Moreover, some of the important regulator proteins discovered in this study, such as Chk1, Aurora A, would provide novel insight into the molecular mechanisms involved in toxic responses to TDCIPP.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,034
Score d'incertitude au seuil0,699

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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