ProLint: a web-based framework for the automated data analysis and visualization of lipid–protein interactions
Notice bibliographique
Résumé
The functional activity of membrane proteins is carried out in a complex lipid environment. Increasingly, it is becoming clear that lipids are an important player in regulating or generally modulating their activity. A routinely used method to gain insight into this interplay between lipids and proteins are Molecular Dynamics (MD) simulations, since they allow us to study interactions at atomic or near-atomic detail as a function of time. A major bottleneck, however, is analyzing and visualizing lipid-protein interactions, which, in practice, is a time-demanding task. Here, we present ProLint (www.prolint.ca), a webserver that completely automates analysis of MD generated files and visualization of lipid-protein interactions. Analysis is modular allowing users to select their preferred method, and visualization is entirely interactive through custom built applications that enable a detailed qualitative and quantitative exploration of lipid-protein interactions. ProLint also includes a database of published MD results that have been processed through the ProLint workflow and can be visualized by anyone regardless of their level of experience with MD. The automated analysis, feature-rich visualization, database integration, and open-source distribution with an easy to install process, will allow ProLint to become a routine workflow in lipid-protein interaction studies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,034 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».